Ja faz alguns anos que nao mexo com o After, mas creio que o basico nao mudou.
Algumas coisas que podem ajudar.
Acho que pode-se dizer que o After é um Photoshop animado, você pode trabalhar com a aplicação de pluggins da mesma forma, inclusive há alguns pluggins do Photoshop que funcionam no After. Claro, há a possibilidade de aplicar alguns scripts no after, coisa que até onde sei nao é possivel no Photoshop.
O After trabalha com as chamadas Composições, estas, são compostas por layers, videos, vetores, etc.
Faça um teste, monte um arquivo no Photoshop com diversos layer e carregue esse arquivo PSD no After, vc verá que ele reconhece e trata individualmente cada layer.
Voce pode criar diversas composições, com diversos layers e juntar todas a composições em uma nova.
Com certeza não é um software muito intuitivo, mas depois que vc pega o principio de funcionamento, vai do seu talento para tirar proveito.
T+