Bom, vamos começar:
D5000 tem um sensor mais moderno que: consome menos energia (bateria dura uns 1000 cliques); gera pouco ruído em ISO 1600, e é o sensor da irmã maior D90.
Bateria tem 10% mais carga (apesar do mesmo tamanho) e a bateria de uma servir na outra.
Tem um sistema de Auto Foco muito mais rápido e eficiente/preciso, além de ser 11 pontos.
Tem LCD maior e móvel, que serve mais para cobrí-lo ao guardar, do que serviria para usá-lo de forma móvel.
Tem live View e filma em HD com muita qualidade (apesar de não ser ótima para esporte por conta do efeito "gelly cam" que eu não saberia traduzir).
Tem modo Bracket, que permite várias exposições da mesma foto, permitindo correções de exposição e/ou HDR.
Obturador para 100 mil disparos contra 40 mil da D60.
Tem outras firulas e frescuras, mas o que realmente vale (na minha opinião) os R$600 a mais é:
Multicam 1000 da D90 (sistema de auto-foco)
ISO 1600 quase limpo.
Obturador para 100K.
Filma em boa qualidade (sim, minha esposa adora esta parte, apesar de para mim não ter grande uso)
O restante é bom, mas não valeria pagar R$100 a mais...