Se puder pagar pelas lentes AF-S... compre a D5000.
Pra você ter uma idéia, partindo do pressuposto que sempre irá usar o foco automático:
Uma 35mm f2 AF usada custa entre 600-700,00. Uma 35mm f1.8 AF-S custa 900-1100,00, nova.
Uma tamron 17-50 f2.8 tem diferença de uns 200-300,00 da sem motor para a com motor. Se achar pra vender uma com motor. Senão, só importando. Uma Nikkor 17-55mm F2.8 AF-S custa 3000,00, usada.
Lentes macro 1:1, se quiser com foco automático, só sobra a nikkor 105mm f2.8 AF-S e a novas 60mm e 85mm (nem tem disponível ainda)AF-S. outras não tem motor de foco, como sigma, tamron e tokina.
Em teles vale mais a pena as AF-S como a 70-300mm VR, pois são bem mais rápidas no foco.
Em super wide tem a sigma 10-20mm HSM, toda sigma com HSM escrito tem motor. As nikkor são muito caras. Mas existem as Tokinas AF que são muito boas, como a 12-24mm f4.
E assim vai.
Se vais ficar um bom tempo com a 18-105mm VR, e nenhuma mais, pode ficar com a D5000.
Eu já gosto de muitas lentes que não têm motor.
Todas as minhas não têm motor. Mas tele, quando eu puder comprar, será uma AF-S, talvez uma sigma 70-200mm f2.8.
A recomendação para a 18-105mm vai porque é uma lente versátil, têm motor de foco, têm VR, e é bem nítida, apesar da construção um tanto frágil, quando comparada com lentes bem mais caras. É só não deixar cair no chão que não corre risco.
Se puder pagar por lentes com motor de foco, vá de D5000, pois um ISO bacana 1600 e bom em 3200 vai ajudar mais nesse primeiro momento.