Foco manual é mandatório em macro, onde você mantém sempre a menor distância de foco e move toda a câmera para frente ou para trás.
Em situações de pouca luz e quando se quer focar por hiperfocal, o modo manual também é ideal. Tem uma tática de foco rápido que a galera das rangefinders fazia, que era deixa lente em um determinada abertura, como f/8 por exemplo, e o anel de foco em uma determinada distância. Aí tudo dentro de uma profundidade de campo ficava em foco, economizando tempo ou até mesmo permitindo fotografar sem levar a câmera aos olhos.
Tirando essas situações, recomendo usar AF o tempo todo. Focar pelo visor de uma DSLR é incerto, acho que o DOF gerado pelo pentaprisma é bem maior que o DOF real gerado pela lente -- então você pode acabar cravando uma imagem super nítida no viewfinder, mas que acaba ficando fora de foco na foto final (já aconteceu isso comigo). E muitas vezes nem mesmo um prisma bi-partido resolve o problema.