A marca de fungo pode ser por algumas razões, como:
1- O técnico, durante a limpeza, deixou aparente as marcas da abrasão que o fungo provocou. O dano também pode ter sido agravado pelo atrito durante a limpeza. Pelo que eu sei, as lentes são limpas com um pedaço de algodão e limpa-vidros neutro. Assistências técnicas de grife talvez usem outros produtos, mas não sei até que ponto são mais efetivos.
2- O técnico preferiu não remover o fungo de um elemento óptico mais difícil de acessar, ou por preguiça, ou porque achou que removê-lo seria pior do que deixar como está. Neste caso, o que você vê não é a marca deixada pelo fungo, mas sim o próprio.
Sobre o impacto sobre as fotos, provavelmente essa "cicatriz" irá afetar. A questão é o quanto. Se você está satisfeito com as suas fotos, ótimo. Geralmente, é difícil notar a perda de nitidez causada por fungos, a não ser que você tenha duas objetivas idênticas para fazer a comparação.