Nas lentes que tem Mode 1/Mode 2 é melhor usar o estabilizador em Mode 2, que estabiliza somente um eixo.
Nas lentes com o IS mais moderno (não necessariamente as mais caras) como a EF-S 55-250, EF-S 18-55, EF-S 15-85 e EF-S 18-200, dentre outras, a própria lente consegue detectar quando vc está movimentando a camera e automaticamente desliga a estabilização no eixo de movimento.
Nos outros tipos de lente estabilizadas, como a EF 28-135mm por exemplo, o melhor é deixar o IS desligado, ele estando ligado os elementos internos tentarão corrigir o seu movimento enquanto acompanha o objeto e o único efeito será tirar a nitidez.