As manchas que aparecem no visor são partículas de poeira no espelho, as outras manchas são sujeira na superfície do sensor.
Qual a abertura usada nessa foto que você tirou? Normalmente a poeira só é perceptível em pequenas aberturas. Se ela aparece em grandes aberturas é porque deve ter bastante sujeira.
Dá uma olhada nisso, é mole de limpar e você pode fazer em casa. E mesmo dando uma limpeza meia-bunda usando uma bombinha de ar você resolve boa parte do problema.