Bom Robson.
Vou falar pela experiência que tive...em primeiro lugar minha situação era diferente da sua pois eu não tinha dinheiro para uma D90 de cara, mas estava em dúvida entre nikon e canon. Conversei com pessoas que tinha ambas as marcas e no final das contas optei pela D5000 da nikon, fiquei com ela aproximadamente 5 meses, nesse tempo consegui comprar um flash Sb900 e juntar uma graninha e troquei minha D5000 pela D90. Motivos:
1- A D90 é mais encorpada que a D5000, a empunhadura é mais confortável em minha opinião. Mas nada que um grip na D5000 não resolva.
2- A D90 tem controles de acesso a funções que eu acho importantes, e o visor superior é uma mão na roda pra mim.
3- A D90 vem com a lente 18-105mm que em meu ver é bem superior a 18-55 da D5000, para comprar a lente separado é o valor que você pagaria na D90, pois supomos que a D90 saia por volta de 2.800,00 e a D5000 por 1.900,00, a lente 18-105 separada sai por 900,00.
4- a D90 tem motor de auto foco no corpo o que para mim é importante, pois na hora de adquirir lentes o preço é bem diferente, por exemplo uma lente fixa 1.8 50mm com AF-S sai por 1.200,00 já a lente 1.8 AF 50mm sai por 450,00;
Para mim foi o que fez mudar, então em minha opinião vale a pena ir de D90 sim, embora a D5000 seja mais didática para iniciantes por possuir mais modos básicos pré programados. Porém existem profissionais aqui com mais experiência e conhecimento que poderão guia-lo com mais exatidão.
Abraços
Thiago