Bom, não tenho nenhuma das duas máquinas, mas vou responder o que sei.
Tanto uma como outra possuem foco automático em filmagem, mas o foco utilizado é o por contraste, e portanto bem lento - a ponto de ser inviável. Assim, praticamente todos optam pelo foco manual, na própria lente. Gente mais séria usa aparelhos de follow focus e telas externas de focalização acoplados.
A 5D II (vocês estão falando 5D, mas é bom distinguir do modelo anterior pois pode chegar alguém mal informado e pensar que ele filma também), a partir do firmware 1.1.0, permite ajuste manual de todas os parâmetros. Um tutorial de como habilitar aqui:
http://www.usa.canon.com/dlc/controller?act=GetArticleAct&articleID=2951A 7D também tem controle de exposição totalmente manual em modo vídeo, mais informações aqui:
http://www.usa.canon.com/dlc/controller?act=GetArticleAct&articleID=3050Quanto ao tamanho do arquivo, eles ficam grandes mesmo, especialmente se forem utilizados vídeos em HD. O menor tamanho será utilizando qualidade VGA (640x480), mas acho que esses 40MB/min que o colega falou já deve ser nessa resolução mínima. Olhe seu manual e veja em qual menu exatamente se muda a qualidade da filmagem.