As fotos que você diz que sai clara, ela sai perfetia.. como é pra sair, com o flash. Certo?
Acredito que as escuras.. foi porque o flash não conseguiu carregar...
Ou seja, você vai fazer uma sequencia... na primeira sai legal. A segunda, o flash não carregou. Na terceira.. ele já sai normal de novo.
Então se for isso, não é um problema de sincronismo... mas sim de tempo de recarga do flash.
É dificil um flash acompanhar o rítimo de uma câmera em burst. Quando se precisa trabalhar em burst com flash, é aconselhavem utilizar uma bateria opcional (turbo pack) no flash, pra ele carregar mais rápido. Ou umas pilhas extras que vão além das 4 que vão no flash.
Você pode adotar alguns procedimentos pra tentar um rendimento maior... como subir o ISO ao máximo (desde que fique com um ruído usável), a usar uma abertura grande.
Fotografar objetos não muito distantes também seria recomendável.
Adotando isso, é para pelo menos melhorar.
Mas ouvi dizer que a potência desses flashs YONGNUO, são bem menores do que flashs da Nikon. Então só testando pra ver se melhora, e se não é viavel mesmo fotografar com ele em modo burst.
Espero ter ajudado.
Abraço