Cláudio,
Independente da tele que você adquira, nunca terá alcance suficiente para fotos de natureza. Algumas aves são tão ariscas que voam ao te avistar de bem longe.
Eu tinha uma 100-400L e tentei usar o TC 1.4x e como você mesmo notou, perde o auto-foco. Existe uma gambiarra de tampar 3 pinos no TC e ai o auto-foco volta a funcionar no ponto central. Porém a lente fica procurando muito o foco e perde-se um tempão para conseguir focar. A luz precisa estar muito boa e o assunto precisa ter um ótimo contraste para que ela faça o foco - e ainda assim levando um tempo considerável. Se usar o liveview e focar por ele, melhora bastante, mas não o suficiente para ser uma alternativa em fotos de aves onde a agilidade conta muito.
Os novos TC's foram desenvolvidos pensando nas novas versões de teles da Canon e prometem um auto-foco mais rápido. Pelo que li em vários sites o aumento de nitidez é tão pequeno que não vale a grana, caso você já tenha os TCs da versão II.
Recentemente comprei uma 300mm f/2.8 usada e uso ela com o TC 1.4x quase que direto. Com ele, a velocidade do auto-foco quase que não muda. Com o TC 2x o auto-foco cai bastante, chutaria uns 40-50% e só fica muito ruim se o assunto não tiver contraste. Quanto a qualidade da imagem, ela só ficará inaceitável se o assunto estiver muito afastado. Aí é bem provável que não fique boa. Mas mesmo uma 600mm f/4 com um assunto distante também terá sua qualidade degradada devido aos fatores atmosféricos.
Para te dar uns exemplos, dê uma olhada neste tópico que postei umas fotos que fiz com ela. A primeira foto foi feita com o TC 2x, mas eu estava bem próximo da saíra militar. Na minha opinião não houve perda nenhuma em qualidade.
http://forum.mundofotografico.com.br/index.php?topic=61539.0Todas as outras foram feitas com o TC 1.4x.
O segredo mesmo é se aproximar muito da ave, com muita paciência. Usar playback (sem exageros) ajuda e as fotos que fizer, até com a 100-400L serão quase tão boas quanto as da 300mm 2.8. Descendo neste mesmo tópico eu postei duas fotos que fiz com minha antiga 100-400L.
Em minha última viagem, cheguei a testar uma 600mm f/4, mas hoje (se tivesse dinheiro e fosse louco) eu não sei se compraria uma. É muito pesada. Estava em um monopé e quando eu peguei eu achei que fosse derrubá-la. A própria 300mm f/2.8 eu acho bem pesada, uso ela sem tripé em poucas situações e por pouco tempo para não me cansar rapidamente. Embora eu perca na mobilidade, gosto de usar tripé e garantir mais nitidez nas fotos que faço.
Para terminar, te indico o fórum do Juza, uma das pessoas que mais se dedica a espalhar conhecimento. Ele sempre divulga dados de suas fotos, faz reviews, mostra como edita as fotos que faz, enfim, ele se preocupa e compartilha com a comunidade. Veja neste link:
http://www.juzaphoto.com/article.php?l=en&article=juzaQue ele passou a usar uma 7D + 300mm 2.8 e TCs para fotos de longa distancia.
Alias, vale a pena ver as galerias, ele gosta de testar todas as cameras que tem acesso e você verá fotos feitas com a 7D, T1i, 3DS, etc. Vale a visita!
Espero ter ajudado! Sei que fugi um pouco do tópico, mas achei válido.
Abraço!
André
Espaço Canon