Para pender um pouco mais para os modelos superiores: Com a D90, você terá mais controles a mão. É mais fácil manusear sem ter que entrar em menus ou configurar presets.
Claro que a D300s é ainda melhor, a D700, melhor ainda, D3s e D3x então nem se fala, mas como foi cogitada a D90, esta é minha indicação.
Além disso, tem um ar mais profissional, o que pode fazer diferença.
Em tempo, uso os modelos Canon superiores (5DMKII), portanto não estou entrando na briga entre marcas.