Eu uso o programa do meu scanner de mesa HP e funciona muito bem.
Se chama HP Photosmart Stitch.
O danadinho acha os pontos semelhantes nas duas fotos, mesmo que as fotos estejas desalinhadas, funde as imagems e fica perfeito. É só ir jogando dentro da caixa, na sequência, e ele faz tudo sozinho.
Basta vc fazer o download na Internet do driver do scanner HP Scanjet 4050, por exemplo, que o HP Photosmart Stitch está incluido no meio dele.
Impossível ser mais simples e mais barato.