Básicamente diferem na forma de como são construidos.
CCD usa uma tecnica complexa de fabricação, possui um aproveitamento proximo de 100% da area destinado ao fotosite. Exigindo uma fabrica propria.
Tem um alto consumo de enérgia.
CMOS (e similares) ea tecnologia usado hj em dia na fabriação de Circuitos Integrados (chips), em comparação com a fabricação do CCD tem um custo menor, ea mesma 'planta' pode ser usado a fabricação de outros tipos de chips.
Sensores de Imagem CMOS são menos sensiveis a luz, devido ao fato de menos de 75% da area do fotosite ser destinado a recpção da luz, os outros 25% são usado pelos circuitos resposaveis pelo processamento da informação captada. Motivo de elas gerarem imagems com bastante ruido.
Tem baixissimo consumo de energia.
sensores CMOS são usadas nas webcams, e nas cameras de baixo custo, mas a aréa desses sensores e muito pegueno produzindo images com muito ruido.
No caso das DSLR, os sensores são muito maiores, captam mais Luz, e possuim um exelente software de tratamento de ruido.
Não tenho certeza quanto aos valores de aproveitamento,
O google deve ter mais informações.
Curiosidade:
CCD foi projetado inicialmenete para ser uma memória ram.