o uso de TC2x deixa o AF mais lento, menos preciso e com qualidade de imagem inferior deixando as fotos mais softs, etc...
Pode ser micro-calibragem, mas faca os testes com e sem TC para ver a diferenca tambem.
Tente mudar a forma de leitura do AF e teste as opcoes da 5DII que sao variadas. Por zonas, por ponto, etc...