Rafael, se nem com ISO nas alturas (e a 5D2 vai bem alto no ISO) você conseguir fazer a foto, é por que está escuro para cacete, se bobear nem você vai estar enxergando nessa condição de luz.
Mas vamos falar SÉRIO... flash popup é muito ruim, é só para dizer que tem, pois foto boa mesmo você vai precisar de um flash externo SIM, a não ser que a condição de luz permita fazer a foto sem flash algum, mas isso também não quer dizer que só por que não usou flash que a foto vai ficar bonita (ou melhor do que se tivesse usado flash).
Sobre a sua pergunta (60D com flash popup x 5D sem flash), fatalmente a foto da 5D sem flash será melhor, só pelo fato do flash DIRETO ter grande chance de estragar a foto, ou deixar ela com cara de foto feita com qualquer saboneteira.