Oi Tana.
Esse pontinhos que vc vê ao ampliar a foto são ruído. Existe vários tipos de ruído e esses coloridinhos é um deles. Todas as máquina digitais produzem ruído, umas mais, outras menos.
Há diversos fatores que influenciam na aparição de ruídos. Um deles é a qualidade do sensor da sua máquina. Se sua máquina fosse uma compacta seria justificado a aparição de ruído, mas com uma D90 parece ser mesmo problema com a regulagem dos parâmetros fotográficos básicos: ISO, abertura e velocidade. Outro fator é a iluminação ou qualquer tipo de fator que não forceça ou prejudique as informações que chegam ao seu sensor na hora da foto. Nesses casos a máquina é obrigada a usar um software interno para preencher a foto com informações calculadas.
Acontece que nem sempre isso funciona e a solução encontrada não tem muito a ver com a realidade. É o ruído.
Daí a importância de vc melhorar ao máximo o processo de captura inicial da fotografia e para isso a D90 é muito boa. Basta aprender a regular os parâmetros que falei acima.
Recomendo que vc dê uma estudada nesses três conceitos básicos e como se relacionam entre si para proporcionarem uma boa captura.
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