Daí vem a dúvida: O DPP converte em JPG usando as configurações da câmera como se eu fizesse a foto em JPG direto da câmera ?
Sim, ele lê os metadados gravados no RAW e aplica as configurações da camera como se fosse default. Experimente o seguinte, mude o Picture Style da camera para monocromático e faça uma foto em RAW.
Abrindo no LR, ela aparecerá colorida, obviamente. Abrindo no DPP ela aparecerá P&B com o Picture Style monocromático selecionado, como selecionado na camera. Óbvio também que este é apenas o default, podendo ser revertido.
Outra diferença entre DPP e LR é que quando vc faz edições no RAW usando o LR, estas edições vão para um side-car .xmp (ou para o catálogo, dependendo da configuração). Quando vc faz edições no DPP, estas edições ficam registradas dentro do próprio arquivo RAW .CR2. No entanto, as edições vão de forma automática para o .xmp, no caso do DPP a foto tem que ser salva com CTRL-S. Esta operação reescreve o RAW gravando dentre dele as edições. E a qualquer momento também vc pode voltar a foto ao estado original, usando a opção no DPP de "Return to shoot setings" ou algo semelhante.
Para edições simples, o DPP pode ser mais performático se a câmera já estiver com uma configuração que vc goste. Basta abrir as fotos no DPP, <CTRL>+B e pronto, vc terá fotos em JPG a partir do RAW como se tivesse feito em JPG direto na câmera, com a vantagem de poder fazer alguma edição em alguma foto que não ficou legal. É o grande fator porque RAW+JPG só é necessário se vc precisar do JPG imediatamente após fazer as fotos.
Para edições complexas, o LR é o mais prático, embora nem de longe seja o melhor.