Olá, dentre outras coisas faço curtas! Em produções profissionais quase sempre se não sempre se usa a gravação de áudio separado da câmera. Muitos usam gravadores de áudio como os da marca Zoom (por exemplo o H4n, mas se você quer economizar pode comprar um mais barato é só pesquisar.
Eu particularmente não uso gravadores. Uso o notebook, mesa de som ou interface de áudio e microfones de lapela ou direcionais (boom, aqueles compridos que se usa em uma vara).
Para sincronizar é para isso que se usa a famosa claquete. Coloca pra gravar a câmera e o microfone e então bate a claquete na frente da câmera, depois na edição a gente sincroniza o áudio da câmera com o da gravação separada.
Os programas de edição profissionais mais usados são:
Adobe Premiere
Final Cut
Sony Vegas
Entre alguns outros.
A sincronização não é automática, você deve conhecer o programa que vai trabalhar e então carrega o vídeo e o áudio nas pistas e sincroniza anualmente (movendo o som para a esquerda e direita até estar ok)
Se não tem claquete pode apenas bater palma na frente da cam rsrsrsrs.
Espero ter te ajudado, qualquer coisa pergunte!