Uma das diferenças entre pixels totais e pixels efetivos é que para a contagem do número de pixels totais se leva em consideração a totalidade de sítios do sensor. Ora, os sensores padrão Bayer captam apenas cores RGB e os pixeis finais da imagem são calculados baseado na leitura da luminância dos pixels vizinhos durante o processo de demosaico, gerando cada ponto da foto, mais ou menos assim:
Se esse fosse o sensor, teríamos 16 pixels reais, gerando 9 pixels efetivos. Claro que como o sensor ao invés de 16 tem milhões de pixels, a relação entre reais e efetivos é muito mais próxima.
Este é um dos fatores que geram essa diferença, podem existir outros, mas normalmente, essa diferença é insignificante e sensores com mesmo tamanho, proporção entre os lados e número de sítios tendem a ter número de pixels efetivos iguais ou muito próximos.