O Paulo mesmo respondeu sua própria pergunta.
Se fazendo uma foto para alguma fonte de luz aparecem "fantasmas" significa que existe reflexão indesejada entre o elemento frontal e o próprio filtro, derivada da má qualidade do coating. O mesmo processo que causa os "fantasmas" também é responsável por retirar nitidez, texturas e contraste, principalmente em fotos em contra-luz, além de favorecer o aparecimento de flares. Em situação controlada, pode ser que a diferença não apareça, mas os problemas podem aparecer quando menos esperamos (e queremos).
Claro que em algumas situações os filtros são interessantes, eu mesmo uso UV nas minhas lentes em situações críticas, como fotos a beira-mar. Mas para isso é necessário que os filtros tenham uma qualidade mínima. Engraçado que os filtros Kenko, embora não sejam os melhores (filtros UV realmente bons custam caro, existem filtros 58mm de mais de 100 dólares lá fora), também não são dos piores e embora provavelmente introduzam algum tipo de degradação, não deveriam impossibilitar o autofoco.