Acho que é tudo uma questao de aprendizado, se voce SABE usar o modo manual e esta fotografando em A, beleza, voce SABE usar o M mas o momento pede uma config rapida, use o A! Quanto ao curso acho valido a posiçao do professor em relaçao ao aluno de obriga-lo a usar o manual, dar um curso e nao fazer com que os alunos saiam dali sabendo o que estao fazendo é sem sentido.
Como falaram, a questao é saber fotografar, quem usa manual, normalmente sabe os principios basicos, e quando se ve alguem no auto, ja se tira a conclusao que o cara nem sabe o que ta fazendo...quanto a flash, foco... eu tenho uma 50tinha que só uso no manual, ou seja, sei usar foco manual tambem, quanto a flash, nao peguei um ainda, mas aprenderei a usa-lo no manual quando o adquirir, gosto de ter controle sobre meu equipamento, pra se um dia o automatico me sacanear, saberei como proceder!
Mas quanto a fotografia, só fotografo em manual também, raras vezes que acontece algo muito rapido que mal da tempo de pegar a camera, que ponho no A... mas normalmente nem me lembro de por e acabo fotografando no M com a config que esta e me decepciono, hahaha