Ok, vamos por partes.
Pelo que entendi você tem um problema no AF da lente. Em primeiro lugar é melhor certificar-se que é na lente mesmo e não o corpo também.
Em segundo lugar, caso se corpo esteja legal, eu ficaria na Canon mesmo, pelo simples fato de que vocÊ não tem backup.
Se estiver no meio de um trabalho e sua cÂmera pifar (isso só não é possível se comprar uma direto com a S.H.I.E.L.D.) você fica sem nada na mão. Ficando na linha Canon, você aproveita as lentes, flashes etc. e não fica na mão no meio de um evento, além de ter como trabalhar até até sua câmera consertar.
Não ligue para discussões sobre o fato de marca x ou y conseguir registrar o milionéssimo fio de cabelo de um careca de nascença, toda câmera dslr pode entregar um bom trabalho e se existir limitações que impeçam de se ter boas fotos essas estão na mão que aperta o botão. Claro que estamos falando de dslr na mesma faixa de usuário.
Sou usuário Nikon e gosto da minha câmera, então continuaria nela por puro gosto mesmo, sem qualquer pragmatismo. Mas, não sou profissional de fotografia, posso me dar a esse luxo.
Já no seu caso, eu pensaria no que disse acima.
Espaço Nikon