Pode tirar o filtro da AF-D sem medo. O elemento frontal é tão para dentro ("recessed") que a chance de algo acerta-lo é miníma.
Já tive a AF-D, tenho a AF-S VR. Ambas são excelentes. Para fotos macro 1:1 1:2, etc, nunca usei autofoco, só foco manual.
Já para retratos ambas focam decentemente.