E quais programas você tem usado ?
Atualmente não faço mais macro, na época eu usava o Helicon Focus e o Combine Z. O Helicon é melhor, mas é pago. Também usei o programa proprietário da Leica, que vinha junto com o microscópio, mas esse foi o que me deu alguns artefatos.
Mas tudo isso foi a uns bons 10 anos atrás, durante meu doutorado. Atualmente deve ter programas melhores, até o Photoshop faz isso hoje em dia.