Depende muito da situação. Em geral deixaria uma para RAW e outro em jpeg mas, se estiver trabalhando em um evento como casamento, deixaria um como backup do outro (ambos em RAW).
Estranho... Era pra ter arquivos diferentes em cartoes diferentes. Faço isso na D7000, q pega 2 SDs.
As 5 primeiras fotos estão em RAW , o resto em JPEG