Se não me engano, esse recurso de disparar com o flash embutido é só da D90 e D7000 pra cima... Mas como o YN560 II não é TTL, dá pra comprar um jogo de radio flash daqueles chineses bem simplezinhos e baratos que não tem erro!
Humberto, Nikon CLS não é suportado mesmo, mas acho que o André deve estar falando do modo slave óptico.
André, faça o seguinte. No menu da sua D3100 procure a configuração do flash popup e coloque ele no modo manual, informando a menor potência de disparo pra ele (1/32). O seu YN (quando ele chegar) coloque no modo S1 e regule a potência. Quando você disparar pela câmera, a luz disparada pelo flash popup (que vai estar em pouca quantidade) vai servir pra avisar o YN que ele deve disparar.
Usar o flash popup da câmera em baixa potência serve pra que ele não influencie (muito) na iluminação da sua cena. Se ele estiver influenciando, aumente a potência do YN e compense na câmera, até que os 1/32 do popup não sejam mais visíveis no resultado final.