Difícil comparar, é uma Cropada contra uma Full-Frame.
Mas como a Canon 6D é Full-Frame, iria por ela. Apesar de eu não gostar muito da Canon, mas isso é pessoal mesmo, não é para ser levado em consideração.
A Nikon D7100 é novinha, acredito que possa vir com algum defeito de lançamento, como tem acontecido com os lançamentos recentes da Nikon.
Se você estivesse em duvida entra duas cropadas, Canon x Nikon, iria de Nikon, mas é Full-Frame (Canon) x Cropada (Nikon), então vá de Full-Frame sem medo, será só alegrias.