Tenho uma de cada. Vou colocar lenha na fogueira... Vou falar mais de defeitos, sem querer ser pessimista...
Já li e ouvi de muitos fotógrafos reclamação quanto à quebra precoce do obturador da 6D (feito para 100 mil, mas muitos antes disso). Nunca ninguém comentou comigo de o da 5D II ou 5D III ter quebrado antes de 150 mil atuações (aliás, nunca vi um quebrando antes de 300 mil).
A 6D tem comandos confusos, parecidos com as Rebel, e não tem o joystick, o que é péssimo (aquela "coisa" conjugada com o dial traseiro é horrível de usar).
A 6D começa a soltar as borrachas com 2 a 3 anos de uso... A 6D, usando o wifi ou gps, acaba com a bateria num instante. A 6D tem menus e controles limitados (não tem compensação de flash à mão, nem WB, para quem usa). A 6D tem velocidade máxima de 1/4000 (o que pode ser pouco, em algumas situações).
Mas... A 6D tem um ISO alto melhor que a 5D III (menos chroma), e um ponto central mais sensível. Só!
A 5D III tem algumas falhas: a luz de confirmação de autofoco é muito fraca (faz falta em situações de luz mais forte. O sistema de autofoco é muito legal, extremamente preciso, 61 pontos, com indicação feita por projeção holográfica, tamanho dos pontos variáveis, grids auxiliares, etc, mas a intensidade poderia ser um pouco maior (na 6D e na 5D II a intensidade já é suficiente). A 5D III não tem wifi nem gps (eu nem uso), não me faz falta. O ponto central tem sensibilidade de -2EV. Afora isso, ela é muito mais câmera que a 6D, e julgo valer o dobro (hoje, com uma em mãos, posso afirmar isso com convicção). A 6D fará 90% do que a 5D III faz, sim, mas se o cara puder investir numa 5D III, é recomendável. Dá gosto clicar com ela... Abraços.