lestevaos, vc está certo, apenas não entendeu o processo.
Vc aplicar NR, Nitidez ou qualquer coisa não vai alterar em nada o RAW.
Segundo o que se fala por aí, é que firmware da Nikon faz o seguinte. Se vc tirar uma foto em ISO 3200, o firmware da câmera sempre aplica um NR de 10 por exemplo, mesmo que vc diga que não quer redução de ruído nenhuma. Esse 10 é aplicado tanto no JPG quanto no RAW. Se vc disser que quer um NR leve, ele vai aplicar um NR 10 no RAW e um NR 20 no JPG. Mas o RAW sempre vai ter um pouco de NR, independente do que vc configurar na câmera. Neste sentido que se diz que o RAW é manipulado.
Com isso, o RAW pode aparentar ter o mesmo ou até menos ruído quando comparado ao de outros fabricantes - óbvio, porque querendo ou não, ele já recebeu um pouco de NR. Só que neste processo, perde-se nitidez, o que também é óbvio.
Para se detectar isso é difícil, já que como vc mesmo disse, não teríamos um RAW puro para comparar. Mas não é impossível, só que para isso é necessário muito conhecimento, técnica e software apropriado. Lá no site do Shalders tem um caminho para isso.
Isso é herdado das Sony que tinham esta característica de aplicar NR compulsoriamente no RAW. Só que em alguns modelos das Sony mais antigas existia no menu a possibilidade de desativar esta feature, que foi retirada depois, e que nunca existiu nas Nikon.
Da mesma forma que o Hyde, isso não é afirmação minha, é repasse do que se lê na internet e é mais ou menos conhecido nos fóruns lá fora. Mas a falta de resolução de algumas câmeras Nikon em ISO mais alto é algo também bem conhecido. Por exemplo, nos testes de resolução do TechRadar, a 60D conseguiu em ISO 1600 e 3200 escore 26 e 24, a Olympus OMD conseguiu 22 e 20 e a D7000, apenas 18, sendo bastante evidente nos testes mostrados a falta de resolução nos isos mais altos quando comparada às outras. É uma opção de diminuir o ruído às custas de nitidez sem que o usuário possa interferir. Eu particularmente, prefiro o RAW puro, sem nenhuma adulteração, o que me permite no pós decidir se quero diminuir o ruído e em que nível para que possa preservar as texturas.
Mas isto são testes, e como tal, passíveis de interpretação.
Interessante que agora a D7100 vem sem o filtro AA, talvez uma tentativa de melhorar isso e dar um UP na nitidez das imagens.