Por partes...
A primeira foto ficou subexposta justamente porque vc zerou o fotômetro, principalmente se vc usou medição spot ou parcial. O fotômetro sempre tenta levar a cena ao cinza 18%, como imagino que a maior área da cena medida era branca, ele entendeu que ali não era branco, mas sim cinza 18% e fotometrou para que saisse assim. É assim que os fotômetros das câmeras funcionam, neste caso vc deveria ter compensado a exposição algo entre 1EV e 2EV, para saber exatamente é necessário conhecer a curva de ganho do sensor da sua câmera.
Em segundo lugar, luz fluorescente é o terror de qualquer fotógrafo. Ela pode sim induzir a erros no sistema de foco por fase, além de ter uma cor que muda durante o ciclo. Por isso quando se fotografa em luz fluorescente deve-se usar velocidades que sejam equivalentes a no mínimo meio ciclo, e multiplo destes. Como no Brasil a frequência da corrente alternada disponível é de 60Hz, deve-se usar velocidades de 1/30, 1/60, 1/125 (aproximado já que não existe 1/120) para fotografar sob luz fluorescente para garantir que não haverá desvios de cor.
Além disso, a luz fluorescente tem um forte cast esverdeado, facilmente corrigível quando é a única fonte de luz, mas pode deixar a foto terrível de corrigir quando se usa mais de uma fonte de luz, flash por exemplo. Aí o correto seria usar gel de correção de flash "plus-green". Eu, dentro do meu amadorismo, já tentei usar e nunca consegui resultado satisfatório com o gel verde, apenas com os de correção para luz de tungstênio/incandescente.
Bem, este problema não tem muita solução, depende muito das condições do click e das rotinas de autofoco da câmera. Mas normalmente o desvio é mínimo e como não se fotografa assim tão de perto, o problema costuma ser menos aparente.