Bom, pelo que já pesquisei e pelos testes, o iso da 6D é um pouco melhor que da markIII... este aspecto está pesando bastante ma escolha, pois fiz uns testes de iso entre a Mii e a Miii e... 6400 na Mii já compromete bastante... na Miii fica uma beleza... em alguns casos, inclusive em 25.600 é show de bola!!
Parece que o ISO da 6D é melhor que o da 5D III sim, mas é pouca coisa. Diria que quase imperceptível, dependendo do tamanho da ampliação. Se for só por conta do ISO, acho que não vale a pena pegar a 6D.
Entre a 6D e a 5D II faz bastante diferença sim, mas ainda assim é difícil explicar, mas eu não gosto das imagens da 6D em ISOs tão altos. O ruído é alto, mas os detalhes e as cores se preservam bem melhor que na 5D II. Só que eu evitaria usar acima de 6400 de qualquer forma, a imagem não me agrada... E achei bem mais difícil aplicar o redutor de ruído nas imagens da 6D, não sei, mesmo usando o DPP parece que não remove o ruído tão bem quanto na 5D II.
Além disso, em questão de ergonomia (pegada e comandos), as 5D (I, II e III) ainda estão bem à frente da 6D.
Tem que ver mesmo do que você mais está precisando. De um corpo recente? De uma abertura f/2.8? De IS? Aí basear sua escolha nisso.
Abraços