Bom dia pessoal. O erro aí pode esta no fator de corte.
Trabalho com photoshop, mas nos outros não deve mudar muito, você precisa usar a ferramenta correta para o corte, e não ajustar ou redimensionar o tamanho, entende.
Corte as imagens nas dimensões exata do papel que vai imprimir, usando 300px por polegada.
Pelo menos no meu caso trabalho assim e dá certo.
Caso trabalhe com um laboratório, pessa uma tabela com as relações de corte exatas, ou o próprio fabricante da impressora ou papel pode oferecer, aí é só cortar nas dimensões desejadas com 300px por polegada e não tem erro.