Acredito que não amigo, ambas devem apresentar qualidade de imagem muito semelhante. O que pode ocorrer é que o sensor da t3i é mais novo que o da d90, e lida melhor com alto iso, já vi mais relatos aqui no fórum de quem teve ou tem a D90 e realmente, a reclamação de iso alto é um pouco comum. Mas também, não me parece haver um divisor de águas neste quesito entre uma e outra, pelo menos não pro meu olho. Perde-se em alguns quesitos, ganha-se em outros, é assim que ambas convivem no mercado. As nikon por exemplo são conhecidas pelo excelente dynamic range... Se pesquisar pela net poderá ver algumas samples comparando as duas câmeras com mesmas configurações em diversas situações, isso pode ajudar na busca de formar uma opinião mais consistente. Se não me engano o DPReview costuma fazer isso, mas se jogar no google "d90 x t3i" vai achar.
Abraço