No Lightroom o backup automatizado só pode ser feito no momento da importação das fotos.
Ao importar, marque a opção "fazer uma segunda cópia para", escolha a pasta no hd externo.
Esse backup ocorrerá sempre no formato original (CR2, NEF...), mesmo que escolha copiar e converter em DNG. O Lightroom faz o backup em pastas por data da importação.
Esse backup é de segurança, de tudo que foi fotografado, para o caso de você perder os originais, ou apagar uma foto que não devia.
Como é feito na hora da importação, logo depois pode apagar os arquivos do cartão que já terá duas cópias: uma no computador e outra no HD externo.
Depois de importar, converter para DNG (se for o caso), selecionar as fotos, excluir as ruins, tratar as fotos, exportar para jpg, etc..., o adequado é fazer backup para outro hd externo, só de fotos selecionadas. Esse será um backup das fotos finalizadas, diferente do backup anterior.
Também faça backup periódico do catálogo do lightroom, para o caso de corromper ou dar pane/perder dados do Hd do computador.
Eu tenho feito essa rotina descrita acima, adicionando um backup das fotos e catálogo para um serviço de backup online.
No Lightroom, só é possível incorporar os ajustes direto no arquivo RAW, se você converter para DNG. Mas o salvamento não é automático, tem que fazer manualmente. (Metadados > Atualizar metadados e visualiação DNG).
Ah, backup nunca é demais... esta semana um dos HD externo deu pane... não lê mais. Como tenho outros backup nem me preocupei, só tive que comprar outro HD externo.