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Antes de continuar, gostaria de parabenizá-lo por ter pesquisado e entendido o que quer com a compra de um novo equipamento, direcionando o foco para o seu uso, suas pretensões e o seu orçamento. Além disso, creio que o post tenha sido no local correto sim. Talvez, caso tenha realmente definido o modelo da câmera, poderia ter postado na área de acessórios se essa for sua única dúvida. De qualquer forma, vamos lá:
1) Sim, a T3i é uma excelente câmera para se comprar no início, uma das melhores inclusive, especialmente pensando em facilidade de material para debate e para compra de acessórios e lentes. Pode seguir firme com ela. Se ajudar a confirmar sua expectativa, alguns meses atrás eu estava no mesmo dilema que o seu e acabei ficando com uma T4i (praticamente a mesma câmera).
2) Fique com a lente do kit, seja ela qual for. No caso da 18-55, ela costuma vir num preço muito próximo se comparado ao corpo sozinho, praticamente sempre vale a pena, além do que, é uma lente honesta pelo que se propõe. Já a 18-135 é mais cara, porém pode te ajudar a se ambientar melhor no começo, já que cobre um range maior de distâncias focais, eliminando a vontade (ou necessidade) de comprar uma lente mais "tele". Particularmente, considero a 18-55 um melhor negócio, já que é bem baratinha e quebra um galhão, além de não fazer falta um maior zoom do que esses 55mm dela para mim. Já a 50 1.8 (ou cinquentinha, para os mais chegados) é uma das lentes mais baratas que se pode comprar e agregará possibilidades fantásticas, em especial o desfoque seletivo. Aqui tem um resumo bem legal do porque dessa lente:
http://www.dicasdefotografia.com.br/50mm-a-melhor-lente-para-comprar-ja3) Filtro UV vai depender do seu uso e do seu cuidado com as lentes. Há os que defendem, há os que não usam nem morto. Pode pesquisar e tirar suas próprias conclusões.
4) Bateria reserva também, vai depender do seu uso. Eu comprei uma aproveitando o embalo e até hoje não senti necessidade, poderia me virar tranquilamente apenas com uma. Pode ser que para o seu uso seja necessário. Na dúvida, fique com a que vem com a câmera e deixe para comprar se sentir essa necessidade, simples assim!
5) Case também é algo pessoal, mas considero crucial. Quando comprei meu equipamento deixei para depois, mas logo vi que seria complicado transportar meu suado dinheirinho (em forma de frágil equipamento) sem algo adequado, o que me fez deixar a tralha em casa em algumas oportunidade. Tão logo pude fui lá e comprei uma mochila apropriada. Aí o formato é você quem decide, existe uma infinidade de modelos desde malas com rodinhas, bolsas, mochilas e por aí vai. Eu tenho uma mochila da Lowerpro, bem bacana. Fica de dica para começar sua pesquisa.
6) Tudo o que foi dito aqui e o que mais poderia citar (flashes, filtros específicos como polarizador, etc, tripé, e por aí vai) é você quem vai ter que primeiro começar a clicar para então sentir necessidade. Por exemplo, tem gente que não sai para fotografar sem tripé, devido a necessidade de longos alcances (estabilizar a lente num foto com zoom gigantesco) ou devido a longas exposições (para fotos noturnas), enquanto que outros nem sequer possuem esse acessório porque não fotografam nada neste sentido. Eu mesmo quase saí comprando de cara um flash, mas até agora não senti tanta falta para o que estou fotografando. Logo, acho que o negócio é comprar a câmera, uma lente clara como a cinquentinha, uma bolsa para transporte, e o resto você vai comprando aos poucos.