Rafael,
para a fotografia de aves, a 6D tem uma desvantagem em relação à 7D pois o sensor é full-frame e por isso não tem o fator de crop de 1.6x.
No entanto, acabei de ler um relato de um fotógrafo de aves, justamente sobre a migração da 7D para a 6D, onde ele diz que pegando a foto da 6D e cropando para ter a mesma distância focal que teria com a 7D a imagem é melhor do que com a 7D (de acordo com o relato dele).
Eu diria o seguinte: se a fotografia de aves for o mais importante, então o melhor seria 7D, pois não faria sentindo usar um sensor full frame o ficar cropando as imagens. Se aves for secundário, então acho que o melhor seja 6D.
Agora, não adianta 6D, 7D ou seja o que for, se a lente não tiver qualidade. Isso é o que vai fazer a maior diferença.
Abraços,
Fabio.