Pessoal, estou achando que eu resolvi o problema com uma solução bem "idiota".
Tirei umas fotos hoje, em 1.8 com autofocus, exatamente o ponto mais problemático da minha 50mm. A primeira foto saiu fora de foco.
Aí entrei no modo liveview, dei o máximo de zoom e ajustei o foco da lente manualmente, forçando o motor, sem colocar a chave na posição MF.
Depois que eu fiz isso, a lente está focalizando MUITO melhor, fiz vários testes aqui e ela quase não está "errando" mais.
É possível que este seja o procedimento pra se ajustar o foco da lente?