Acho que o problema foi apenas potencializado pelo autor.
Apagar as fotos no cartão não estraga a máquina, evidentemente. Mas o que pode acontecer é que se o fotografo sempre apaga as fotos no cartão e nunca o formata, com o passar do tempo a tabela de alocação de arquivos fica completamente fragmentada e aí a probabilidade de um problema de escrita aumenta bastante. Isso pode acontecer mesmo se o fotografo fica apagando e clicando alternadamente. Esse processo acaba criando "buracos" na FAT do cartão que aumentam o tempo de pesquisa para que o firmware encontre setores livres, diminuindo a velocidade de gravação e aumentando também a chance de erros.
Eu até apago fotos direto no cartão - é raro mas acontece - mas tenho o hábito de sempre formatar o cartão assim que o coloco na câmera.
Em relação a conectar a câmera direto no PC, isso não é lenda, eu conheço pelos menos dois casos de porta USB de câmera queimada. Embora não seja tão fácil, a porta USB é energizada e um mau contato, um problema na desconexão ou algo do gênero pode queimá-la. Ainda mais considerando-se que a conexão do cabo na câmera é mais complicado, o acesso nem sempre é tão simples e muitas vezes o processo é feito com pressa. Pelo sim pelo não eu prefiro queimar um leitor de cartão de 2 dólares no DX - aliás, já queimei uns 2 deles - do que a porta da câmera, que não tem conserto.