Eu comprei a 40 STM principalmente pela sua forma compacta. Quando saio para fazer foto macro com a MP-E 65 (que só foca em distãncia macro, não servindo para fotos "normais", a 40mm vai no bolso como opção para o caso de aparecer algo não macro a ser fotografado. Adicionalmente, com sua forma compacta ela é uma boa opção para quem deseja tornar a cãmera em uma forma mais compacta, ou para chamar menos a atenção. Finalmente, sendo uma lente STM, ela permite foco silencioso, útil para gravação de vídeos em câmeras compatíveis.
Sobre a 50 f1.8, é uma excelente opção de primeira lente fixa. Se possível, entretanto, recomendo a 50 f1.4, que embora mais cara tem motor USM e construção mais robusta. Com respeito a custo, entretanto, a 50 f1.8 é uma opção interessante.
Qual a melhor opção vai depender do que desejas fazer com a opção escolhida.
Abraços,