Vou dar minha opinião.
Eu sou proprietario de uma 6d. Vi diversos reviews comparando a d600 e a 6d no youtube antes de decidir a minha compra. Eu diria que não há nada que você consiga fazer em uma que não consiga fazer na outra. Qualquer uma das duas vai te servir muito bem. O video do Michael the Mentor comparando as 2 é muito detalhado e bem cartesiano/objetivo, vai te ajudar, mas resumindo o video dele, a conclusão que se chega é que eu diria que no geral as duas são empatadas com vantagens pra uma ou outra nas situações de uso abaixo (as diferenças de especificação não vou comentar, é só ler):
Esportes: Vantagem para Nikon que consegue mais fotos focadas do que a Canon quando o objeto se move em direção ao fotografo(que é realmente quando o al servo trabalha). O Al servo da Nikon tem melhor performance devido a mais pontos de autofoco (39 contra 11). Quando o objeto se move paralelamente a camera não há muita diferença entre as duas.
Situações de pouca luz: Vantagem para a Canon que tem o ponto central de foco com uma sensibilidade absurda conseguindo focar em situações de bem pouca luz, mas se torna um empate se voce ligar o assist lamp da Nikon. A performance de alto ISO da Canon é violenta também, mas vale lembrar que a superioridade do ISO da Canon é só em JPEG, em raw as duas são equivalentes. Pra casamentos e festas acho que a 6d é uma das melhores cameras, se não a melhor.
Paisagens: Aqui cada uma tem suas vantagens. A Nikon tem maior DR. Mas a Canon tem uma função HDR High Dinamic Range que funciona só em JPEg que tira 3 fotos seguidas e as combina. Além disso a Canon tem GPS embutido que marca a localização das fotos num mapa quando voce abre o software da Canon, pra quem faz viagens no exterior isso é muito legal, eu fui pra Turquia e adorei essa ferramenta. A 6d também tem wifi que permite que com iphone ou android voce tire fotos remotamente, isso é bom pra quem esta viajando sozinho ou a 2, voce monta a camera no tripé e pode sair na foto com sua namorada compondo e olhando no visor do celular sem ter que ficar pedindo pra desconhecidos tirarem foto pra voce.
Eu escolhi a Canon por que 90% das minhas fotos são retratos e paisagens, a maior dificuldade que eu tinha eram de boas fotos em situações de pouca luz em festas e casamentos, raramente fotografo esporte ou coisas em movimento, além de que ja tinha 1 t2i com 50 mm f/1.4 então foi facil me manter na canon e usar a lente que ja tinha.
Conclusão, se voce fotografa esporte, animais na natureza etc, Nikon. Se fotografa festas, casamentos Canon. Qualquer outra situação eu diria que é empate
Espero ter ajudado