Nenhuma delas é melhor que a outra. São diferentes.
A 40 parece ser mais nítida, tem foco mais apurado, mais silencioso, é menor, tem a nova tecnologia stm (que só vai fazer diferença nas rebel acima da t4i, e câmeras mais recentes que ela).
A 50 peca muito no foco com pouca luz, tem uma abertura maior, é melhor pra desfocar, pra ambientes com pouca luz. A df (distância focal) dela em uma cropada é mais bacana pra retratos.
Enfim, entre elas, vai muito do uso que tu vai dar, e pelo teu gosto pessoal