Bom, muito já li inclusive aqui no fórum que as canon são melhores em ISO alto, pois bem eu já usei uma Nikon D300 de um amigo em até ISO 3200, sendo a D300 uma APS-C e a 50D também, até 3200 deve de segurar a imagem tranquilo, melhor dar uma testada pra ver se gosta dos resultados, eu ultimamente até com compactas eu tenho utilizado ISOs mais altos, certa vez utilizei em uma festa um ISO 1600, granulou bastante era a Lumix F5 que tem um sensor pequenojá com a D300 o ISO 3200 ta tranquilo, 6400 já é demais pra ela, acredito que a Canon 50D vai ser mais ou menos a mesma coisa.
Quanto a influencia do ISO, certas horas, o Flash é insuficiente devido a iluminação do local e a distância, com compactas é mais fácil disso acontecer com compactas enquanto com SLRs ou D-SLRs, vc pode instalar uns flash mais forte mas também pode acontecer isso, sendo assim vc quer fotografar um grupo e ao enquadrar este grupo, o flash não é o suficiente pra fotografar todo o grupo devido a distancia e a iluminação do local pode não ajudar, sendo assim é obrigado aumentar o ISO, mas também acho que as cores ficam mais bonita e em festas ou salões grandes tem que tocar o ISO lá em cima mesmo, mas o negócio é testar pra fundar próprias conclusões