Acho que esta questão de motor de foco é muito mal esclarecida e tive as mesmas dúvidas quando estava me decidindo pela minha primeira DSLR. Deixa eu te contar a minha experiência: tenho uma D7000, que foi a minha primeira DSLR. Motor de foco foi um ponto a ser considerado (não o único, pois a ergonomia é outra) e acabei comprando a câmera (só o corpo) com uma Tamron 17-50 com motor de foco (que segundo reviews é muito melhor que a versão sem motor) e a Nikon 55-200 também com motor de foco. Para dizer que não valeu nada o motor de foco na câmera, acabei depois pegando uma Tokina 11-16 sem motor de foco, que resultou numa economia de US$ 100,00 - muito menos do que a diferença de uma D5100 (que era uma alternativa mais barata na época) para a D7000. A opção da Nikon manter o motor de foco (e não eliminá-lo completamente, como a Canon fez) foi justamente para manter os usuários que já possuía lentes AF antigas. Assim como ela manteve o mount F por questões de compatibilidade com lentes fabricadas desde 1959. Eu, sinceramente, não vejo isso como vantagem ou desvantagem para quem está começando em um sistema do zero, a não ser que queira fazer coleção de lentes.
As lentes AF-S são, em geral, versões melhoradas opticamente em relação as AF - a diferença de preço não é apenas pelo motor de foco. Pegando carona nas lentes citadas no tópico como exemplos, a AF-S 50mm f/1.8G custa quase o dobro da AF 50mm f/1.8D, mas é opticamente superior - se a diferença de $$ vale, a questão é pessoal. Porém, a AF-S 85mm f/1.8G custa,
lá fora, apenas US$ 50,00 a mais que a AF 85mm f/1.8D e é tida como uma das lentes mais nítidas da Nikon. Existem poucas lentes que não possuem equivalentes diretas com motor (105 f/2 e 135 f/2, se não me engano - mas existe uma 105 f/2.8 Macro). Deve ter algum motivo mercadológico para não terem sido lançadas ainda.
sidmargarcia, dos diferenciais da D5200 que valem à pena serem citados em relação à alternativa da Canon, as características do
sensor são as mais importantes: DR (que não é a mesma coisa que HDR), color depth e desempenho em ISO. E nisso ela é superior inclusive à T5i. Respondendo à pergunta do tópico, eu acho que, por isso, vale a diferença de preço.
Entretanto, não sei até que ponto essas questões interferem na prática, pois um tem que ser muito fotógrafo (e fazer fotos com essa intenção) para ver essas diferenças refletidas na prática. A depender do tipo de fotografia que for fazer, pode ser melhor ir de Canon pela variedade de lentes, como as TS que tem melhor reputação que as PC-E da Nikon. Mas, penso que quando optar por lentes desse nível, é melhor estar com uma câmera FF às mãos. Há no mercado mais opções de acessórios de terceiros para Canon também, por ser a marca com maior market share e isso também pode ser um diferencial da Canon. Mas com AliExpress, DX, eBay agora ficou mais fácil conseguir acessórios para as duas marcas.
Existem, ainda, alternativas mais recentes em relação ao mundo Canikon, que possuem coisas promissoras, mas ainda não tão consolidadas, como as câmeras SLT e NEX da Sony (que atualmente é a marca que possui melhor política de preços oficiais no Brasil), sistema Fuji X (que é o que mais tem causado frisson nos últimos dias) e o sistema m4/3 compartilhado por Panasonic e Olympus. Mas, aí já fugiria do assunto do tópico...