Vamos a alguns fatos...
Nâo é necessário instalar o Magic Lantern só para isso. Na verdade o próprio firmware da Canon já faz a divisão automática do arquivo quando este chega no limite, a filmagem só vai ter um pequeno engasgo mas parar de verdade só quando chaga a 29min59s. O motivo disto é que na Europa, dispositivo que filma de 30 min pra cima é considerado filmadora e tem uma taxação maior.
Pelas contas apresentadas acima, um cartão classe 10 só iria permitir 6 minutos de filmagem, e não faz sentido afirmar que quanto mais veloz o cartão, menor o tempo de filmagem contínua.
Se a câmera para a filmagem sozinha antes de 29min59s o funcionamento não está normal.
A conta correta deve ser feita considerando que em full HD a câmera grava 330 MB/min., ou seja, irá dar uma breve interrupção quando atingir 4GB, ou 4096 MB, aproximadamente a cada 12 minutos e meio, quando então será criado um novo arquivo. Mais temop se a resolução for menor. Mas em funcionamento normal a filmagem deve continuar, e não parar.
Além da questão do cartão, pode estar havendo o aquecimento da câmera. Teste em um local com um bom ar condicionado.
Tente também gravar um vídeo com a menor resolução possível, se isso resolver então certamente é uma limitação do cartão.