Acho que a questão é bem fácil, pelo menos na minha opinião. Se você trabalha co fotografia, deixa a 60D como backup. Certamente ela vai se desvalorizar com o tempo, mas e o preço que se paga pelo uso. Se você trabalha com fotografia, em pouco tempo ela já deve ter se pagado, então o que vier é lucro. Pelo menos é assim que eu penso.
Agora, se for só pra hobby, não vejo tanta necessidade assim de manter um equipamento backup. A não ser que o dinheiro esteja sobrando, o que, pelo que você relatou, não parece ser o caso. Acho que se tem a oportunidade e, principalmente, a vontade de migrar pra FF, vá em frente, venda a 60D (e as eventuais objetivas EF-S que você tiver) e invista na 6D, não vai se arrepender!
Abraços