MINHA OPINIÃO:
Primeiro deve-se saber o que voce quer da fotografia que vai tirar. Qual enquadramento, qual clima, qual composição, qual destaque, qual efeito e por aí vai. Depois de decidir isso, as configurações servem para alcançar este objetivo.
Se for para tirar uma foto com exposição aceitável, daquilo que vc vê, tira no automático e a câmera pensa isso por você (as vezes melhor e mais rápido que a gente

).
Vou dar um exemplo. Criança correndo, luz do meio dia. Se eu tirar no automático é bem provável que vc terá a ação congelada e com todo o fundo em foco, com a velocidade do obturador alta, abertura pequena (f/8 ou f/11) e ISO Baixo.
Agora nesta mesma situação, vc não quer que o fundo esteja em foco (pq está feio), e quer fazer o chamado Bokeh, e ainda manter a ação congelada, vc terá que aumentar a abertura da lente (f/2.8 por exemplo), e para compensar vai ter que compensar com uma velocidade ainda maior e um ISO ainda mais baixo.
Ora, por isso DEPENDE do q vc quer. Tem gente que pode querer ruído nas fotos (vai saber), por exemplo em fotos Nudez artística, para dar um clima ou sei lá. Para ter esse efeito na câmera, sobe o ISO.
Não existe regra desde que vc saiba o que quer fazer antes do CLICK. Para colocar a câmera no modo manual tem que saber o que se quer antes . Se não...coloca no automático e seja feliz.