Só eu nunca tive problemas de aquecimento no SB-900? Uso para social/casamentos direto e nunca tive uma foto se quer arruinada por conta do flash não disparar por aquecimento.
Não quero parecer arrogante ao falar, não sei as condições em que fotografa, mas eu não esperaria que o flash vá "dar conta" em situações de burst de 6 FPS muito escuras em f5.6 ISO 100, ou em situações que o TTL dele o mande disparar em 1/1. É muita potência, provável que vá esquentar mesmo.
Um extra, lembro-me que li muito a respeito deste aquecimento e muito se falava em quais pilhas utilizar. Lembro-me que as Eneloop eram quase unanimidade entre quem comentava, tenho 3 jogos de Eneleoop e nunca tive esse problema. Talvez seja algo a ser testado por ti.