Oi,
Pelo comentário que você fez, de que a foto aparece por alguns instantes em uma fotometria correta, e em seguida, depois que o Lightrrom a processa, fica sub-exposta, indica que alguma configuração que está definida na câmara, e que afeta só jpg (a primeira visualização é feita sobre um jpg simplificado, que é gravado no raw para permitir a visualização no LCD da câmara).
Faça um teste, fotografe um pouco em RAW+JPG, verifique a diferença de exposição entre as duas saídas.
E é sempre bom dar uma verificada nas configurações da camara, existe uma opção chamada "Auto Lighting Optimizer" que altera a exposição do jpg também... Se você não definiu por uma razão específica alguma opção, tenta voltar a mesma ao default e teste novamente...
Depois, verifique se o seu lightroom, não está aplicando algum preset na importação, esse preset pode estar alterando a exposição. E verifique também na parte de calibração da câmara, ainda no lightroom, qual o processo e perfil que estão selecionados, dá uma alterada neles para ver o que altera (na parte de perfil muda bastante como são interpretadas as cores) pode influenciar um tanto na exposição.
Existem vários detalhezinhos que podem estar ocorrendo em seu caso, então é bom ir fazendo diversos testes para achar o problema.
Boa sorte!!!