André,
Respondendo à sua questão inicial: costumo deixar a câmera em 3:2, e mudar para 4:3 (mais "quadrado") ou 16:9 (mais longo), conforme a necessidade. Prefiro, dentro do possível (*), deixar a composição o mais próximo do que desejo já no momento do clique. Isso me faz mudar bastante o formato entre uma foto e outra, e como no menu da minha câmera o 3:2 está no meio entre os outros dois que uso, é mais conveniente deixá-lo assim. Além disso, para fotos horizontais em geral, o 3:2 funciona bem.
Quanto a desperdiçar pixels, pessoalmente não me preocupo com isso. Qualquer câmera hoje tem resolução suficiente para quase qualquer tamanho de ampliação que você desejar, principalmente para uso amador. Prefiro ter uma foto que tenha o formato e composição que concebi quando fotografei, do que ganhar alguns megapixels que mal seriam percebidos numa ampliação razoável.
(*): às vezes, quando planejo fazer correção de perspectiva posteriormente (ex: fotos de cenas urbanas, arquitetura), opto por um formato mais quadrado do que o que terei no final, para poder "esticar" a imagem o suficiente no tratamento.